부가가치세법상 매입세액공제 제도는 우리나라의 현행 부가가치세제의 근간을 이루는 중요한 요소이다. 현행 재활용폐자원 등의 매입에 관한 매입세액공제제도는 판매자가 정상적인 부가가치세를 거래징수할 수 있는 자가 아니기에 매입세액을 공제받을 여지가 없음에도 정책적 목적에 따라 조세특례제한법에 근거하여 한시적으로만 매입세액공제를 허용해주고 있는 실정이다. 이에 따라 이 제도는 예측가능성과 과세형평성 측면에서의 문제가 발생될 가능성이 있다. 본 연구의 목적은 재활용폐자원 등의 매입에 관한 현행 매입세액공제제도를 체계적으로 분석 ․ 검토하고, 개선방안을 제시하는 것이다. 연구 결과, 재활용폐자원 등에 관한 매입세액공제제도가 발전되기 위한 개선방향으로 첫째, 주된 사업여부 조건 완화를 통한 적용대상 사업자 확대, 둘째, 현재 일부 열거항목에 대해서만 적용되는 적용대상 품목의 확대, 셋째, 미등록사업자인 거래 상대방의 총공급가액 확인의무 완화, 그리고 마지막으로 재활용폐자원 매입세액공제율 환원 등이 제시되었다. 본 연구는 관련 분야의 기존 연구들과 달리 이론적 배경 및 최근의 판례를 함께 검토하여 관련 문제점 및 개선방안을 제시한 연구로써, 재활용폐자원 매입세액 공제제도의 발전 방안을 모색하기 위해 필요한 논의의 기초자료를 제공함으로써 관련 분야의 연구에 공헌할 것으로 기대된다.